Compte tenu de la situation géographique en Europe, l'infrastructure des communications en Rhône-Alpes est de première importance pour son économie largement tournée vers l'extérieur. Cela vaut particulièrement pour l'axe Saône-Rhône, qui est l'une des principales voies méridiennes en Europe, mais aussi pour les ouvertures vers le fossé rhénan et la plaine Padane (Lombardie et Piémont). L'intégralité des modes de transport est présente en Rhône-Alpes, où tous les grands flux convergent vers Lyon. En dehors de Paris, aucune autre ville française n'occupe une pareille position de nœud. Quotidiennement transitent par la Région 600.000 t. de fret. Corrélativement, le nombre des entreprises de transport et de logistique est exceptionnellement élevé.

Depuis 1980, le Rhône ^[1] est navigable à l'aval de Lyon pour des péniches de 1.350 t. ou des convois par barges de 3.000 à 5.000 t. La Saône est accessible à l'amont jusqu'à Saint-Symphorien aux bateaux de 1.350 t. Le trafic fluvial (pour les 14 ports, parmi lesquels le plus important est le Port Edouard Herriot ^[2] à Lyon) demeure modeste, avec 4,7 millions t/an, si on le compare au Rhin. Seulement 1,3 % des marchandises transportées dans le couloir Saône-Rhône le sont par voie fluviale. Dans les faits, la voie fluviale est ici une impasse, parce que le vieux canal du Rhône au Rhin entre Saint-Symphorien (Côte d'Or) et Mulhouse n'accepte que des péniches de 350 t. De la sorte, la navigation intérieure subit la concurrence des oléoducs qui approvisionnent les industries régionales et la raffinerie de Feyzin en pétrole depuis Fos ou Lavéra et des gazoducs en provenance de Lacq. Depuis 1950 existent plusieurs projets de mise au gabarit de 1.350 t. du canal Rhin-Rhône, ceci permettant aussi des convois par barges de 4.400 t. Au milieu des années 1990, la réalisation semblait toute proche, quand le gouvernement Jospin en 1997 s'y opposa catégoriquement...

La Région dispose d'un bon maillage ferroviaire, parmi lesquels plusieurs lignes TGV (Train à Grande Vitesse). Ouverte en 1981, la première ligne entre Lyon et Paris constitue le plus important tronçon ferroviaire de France. En 2001, le TGV Méditerranée (Lyon-Marseille) a été mis en service. Les projets portent sur une ligne Paris-Lyon-Barcelone ^[4] et sur un barreau Rhin-Rhône. En mars 2002 a été donné le coup d'envoi de la future ligne TGV transalpine ^[5] Lyon-Chambéry-St Jean-de-Maurienne-Turin, dont l'achèvement est prévu pour 2015. Tout repose sur l'idée qu'entre 2000 et 2019, le trafic marchandises transalpin doublera de volume (passant de 10 à 20 Mio t./an. Mais actuellement, on remet en cause l'urgence de ce projet, car depuis peu, le trafic de marchandises stagne.

L'aéroport Lyon-Saint-Exupéry ^[7] a été élevé en 1993 au rang de "plateforme multimodale de trafic" grâce à une liaison autoroutière et au passage du TGV. C'est ce qui a attiré dans ses parages plusieurs implantations à usage industriel ou commercial (créant ainsi une "aéroville"). Le troisième aéroport de province français après Marseille et Nice desservait en 2002 42 lignes internationales et 30 liaisons domestiques, à quoi s'ajoutaient 50 lignes charter. Cela a représenté un trafic de 5,7 Mio de passagers et de 28.035 t de fret. L'aéroport, qui s'étend sur 2.000 ha, est apte à supporter un accroissement substantiel de son trafic. L'ancien directeur d'Air France, Christian Blanc, est d'avis que Saint-Exupéry pourrait tout à fait jouer le rôle de troisième aéroport parisien, à condition que l'on multiplie les relations par TGV. Récemment, la fonction de "hub ^[8] " d'Air France a pris de l'ampleur.

En dépit d'un bon réseau ferré de 2.500 km, le réseau routier de Rhône-Alpes se taille la part du lion dans le volume du trafic: 95 % de ce dernier se fait par la route, et en 1999, ce ne sont pas moins des 50 % du trafic de transit des marchandises par route qui sont passés par Rhône-Alpes. Le trafic concerne avant tout l'axe rhodanien et un réseau en étoile (jusqu'aux frontières) à partir du pôle lyonnais. En 2003, 10.000 véhicules franchissaient en moyenne chaque jour le tunnel sous Fourvière à Lyon. La même année, alors que le volume du trafic routier s'élevait à 13,2 Md t./km, celui de la voie fluviale n'atteignait que 586,7 Mio t./km, soit 22,5 fois moins.

Rouvert au printemps 2002 après le dramatique incendie du 24 mars 1999, le tunnel sous le Mont Blanc, long de 11,6 km, doit absorber avec celui du Fréjus la majorité du trafic routier transalpin (1,6 Mio de camions/an) entre France et Italie. Mais avec 2.200 camions/jour, les deux itinéraires sont le plus souvent surchargés, surtout celui par le Fréjus, qui rassemble les trois quarts du flot de camions.

Le réseau des autoroutes mesure 1.337 km et est en cours d'extension. La nouvelle liaison Genève-Annecy-Chambéry-Grenoble-Valence est une alternative au passage par l'axe rhodanien. En Maurienne, l'A 43 permet l'accès direct au tunnel du Fréjus. Une route à 4 voies (A 51) devrait dans quelques années achever la liaison autoroutière de Grenoble à Marseille par Sisteron. Cette dernière liaison sera le vrai palliatif à l'axe rhodanien déjà saturé et permettra un accès plus court à la Côte d'Azur. D'autres projets concernant la liaison Lyon-Saint-Etienne (A45), le contournement Ouest de Lyon (COL), l'A 89 entre Lyon et Balbigny, ainsi que l'A 48 entre Ambérieu et Bourgoin.