Mit Verabschiedung der Dezentralisierungsgesetze wurden die politischen Strukturen grundlegend demokratisiert. Das Parlament der zweitgrößten Region Frankreichs ist der auf sechs Jahre nach der Verhältniswahl bestellte Conseil Régional. Ab 2004 wird ein modifiziertes Wahlverfahren eingeführt, das aus einer Mischung aus Mehrheits- und Verhältniswahl besteht. Vor dem Hintergrund langwieriger Regierungsbildungen im Jahre 1998/99 ist das Ziel dieser Novellierung, arbeitsfähige Mehrheiten zu bilden. Die wichtigsten Aufgaben der 157 Mitglieder des Regionalrates bestehen zum einen in der Verabschiedung des Budgets nach Einzelhaushalten, zum anderen wählen sie aus ihrer Mitte den Präsidenten bzw. die Präsidentin, der bzw. die zugleich das Exekutivorgan der Region darstellt..

Bei ihrer Arbeit stützen sich die Regionalräte auf die sogenannte Permanente Kommission, die in den Sitzungspausen des Regionalrates tagt und dann dessen Kompetenzen (mit Ausnahme der Verabschiedung des Haushalts) wahrnimmt, und auf elf Ausschüsse. Der Gesetzgeber in Paris hat den Regionen seit 1982 folgende Kompetenzen übertragen:

• die Zuständigkeit für Raumordnung
• die Planification (Planungsempfehlungen für wirtschaftliche Entwicklungen innerhalb eines fünfjährigen Zeitraums) sowie die Förderung der regionalen Wirtschaftsentwicklung
• Kompetenzen im Bereich der beruflichen Bildung und Fortbildung
• Bau, Ausstattung und Unterhalt der Gymnasien
• Förderung regionaler Museen und Bibliotheken
• Pflege der Regionalparks
• Betreuung, Finanzierung und Ausbau der regionalen öffentlichen Verkehrssysteme auf Schiene und Straße.

Der Präsident, der die Linien der regionalen Politik und Verwaltung bestimmt, wird von den Regionalräten gewählt, wobei bei den ersten beiden Wahlgängen die absolute Stimmenmehrheit erforderlich ist; anschließend reicht die relative. Seit Januar 1999 ist die liberale Politikerin Anne-Marie Comparini Präsidentin des Regionalrates. Sie ist Vorsitzende des regionalen Parlaments, dessen Entscheidungen sie vorbereitet. Außerdem ist sie Vorgesetzte der etwa 800 Angestellten der Region. Sitz des Regionalrates und der Exekutive ist Charbonnières-les-Bains nördlich von Lyon. Eine ihrer wichtigsten Funktion ist die Kontaktpflege mit dem Vertreter der Zentralgewalt in der Region, vor allem mit dem von Paris eingesetzten Regionalpräfekten.

Da trotz der Dezentralisierungsgesetze die wichtigsten Maßnahmen letztlich nach wie vor in Paris entschieden werden, ist der Präsident des Regionalrates an einem konstruktiven Verhältnis zum Vertreter der Zentralmacht gelegen. Obwohl diesem (ebenso wie seinem Kollegen in den Departements) nur noch eine Kontrolle im Nachhinein der vom Regionalrat und seinen Repräsentanten getroffenen Entscheidungen zukommt, hat sich im politischen Alltag eine Kooperation als für beide Seiten fruchtbares Ergebnis entwickelt.

Eine der für die Region wichtigsten Maßnahmen ist die gemeinsame Ausarbeitung des "Vertragsplans zwischen Staat und Region". In ihm werden für einen längeren Zeitraum (meist sieben Jahre) die finanziellen Verpflichtungen festgelegt, die beide Seiten gewillt sind einzugehen, z.B. beim Ausbau der Universitäten, der Infrastruktur, der Verkehrswege und der Forschung. Gegenüber den Pariser Ministerien ist der Regionalrat bzw. seine Vertreterin auf die Unterstützung des Regionalpräfekten angewiesen.

Unterstützt wird der Regionalrat durch ein beratendes Gremium, nämlich den 116 Mitgliedern starken regionalen Wirtschafts- und Sozialrat, der als eine Art Ständeorgan (Arbeitgeber- und Arbeitnehmervertreter sowie Repräsentanten des öffentlichen Lebens) an der Ausarbeitung des Regionalplans und am Haushalt beratend teilnimmt.

Acht Departements unterschiedlicher Größe bilden die Region Rhône-Alpes (siehe Karte). Jedes Departement besitzt einen direkt auf sechs Jahre nach der absoluten Mehrheitswahl bestellten Departementsrat (vergleichbar mit einem deutschen Kreistag), der wiederum für jeweils drei Jahre seinen Präsidenten als ausführendes Organ der im Rat getroffenen Entscheidungen wählt. Auch im Departement wandelte sich nach Verabschiedung der Dezentralisierungsgesetze die Rolle des von Paris eingesetzten Präfekten vom Vormund hin zu einer Kontrollinstanz, die über das reguläre und legale Zustandekommen der Entscheidungen wacht.

Den Departements obliegt im Rahmen der 1982 beschlossenen Kompetenzerweiterungen u.a. die Zuständigkeit für das Sozial- und Gesundheitswesen, für den Schülertransport, den Bau und Unterhalt der Collèges, für den Bau bzw. Ausbau der Departementstraßen, das überregionale öffentliche Transportwesen sowie für die Departementmuseen und -bibliotheken. Hinzu kommen - gemeinsam mit den Regionen - Abfallbeseitigung und Umweltschutzmaßnahmen. Wegen ihrer Kompetenzen beeinflussen die Departements das alltägliche Leben ihrer Bewohner stärker als die Region.

Die unterste politische Ebene in einer Region ist die Gemeinde. Insgesamt gibt es 2.879 (von ca. 36.500 in ganz Frankreich) in Rhône-Alpes. Nur 72 Gemeinden zählen mehr als 10.000 Einwohner, unter ihnen Lyon mit über 400.000, Grenoble mit 154.000 und St. Etienne mit 200.000 Einwohnern.

Die Gemeinderäte in Orten mit weniger als 3.500 Einwohnern werden für sechs Jahre nach der Mehrheitswahl bestellt, diejenigen mit mehr als 3.500 Bewohnern werden ebenfalls für diese Amtsperiode nach einem Mischsystem aus Verhältniswahl und Mehrheitswahl bestimmt. Aus ihrer Mitte wählen sie den Bürgermeister, dem traditionell in Frankreich eine Doppelfunktion zukommt. Zum einen ist er zugleich Vertreter des Staates und Exekutivorgan seiner Kommune. Zum anderen fungiert er als "Botschafter" seiner Gemeinde bzw. seiner "Untergebenen" gegenüber den staatlichen Vertretern im Departement und in der Region bzw. gegenüber den Pariser Ministerien. Schon vor der Dezentralisierung und der Kompetenzaufwertung der Gemeindeorgane war das Bürgermeisteramt zu einer fast unerlässlichen Station bei der politischen Karriereplanung in Frankreich geworden, insbesondere wenn nationale Wahlämter angestrebt werden.

Seit 1982 sind die Gemeinden, denen zuvor nahezu jede Maßnahme von Paris vorgeschrieben wurde, vor allem verantwortlich für Bebauungspläne, die Ausweisung von Gewerbegebieten, die Anlage von Sportstätten und den Unterhalt von Kindergärten und Grundschulen. Hinzu treten übliche lokale Versorgungs- und Entsorgungsmaßnahmen wie Müllabfuhr und Wasserversorgung.

Um eine Kooperation zwischen den verschiedenen Ebenen in der Region zu gewährleisten, treffen sich die Exekutivorgane der drei Ebenen regelmäßig zur Erörterung wichtiger Projekte (von den Gemeinden sind nur die 19 größten in diesem Koordinierungsgremium vertreten).

Die im Jahre 1998 gewählten 157 Regionalräte, 117 Männer und 40 Frauen, sind in elf Fraktionen bzw. politischen Gruppen organisiert.

Die größte ist die sozialistische Fraktion mit 35 Vertretern, gefolgt von 26 Mitgliedern der ORA (Oui à Rhône-Alpes), einer Abspaltung unter dem ehemaligen Regionalratspräsidenten Charles Millon von der (damaligen) liberalen Partei Frankreichs Union pour la Démocratie Française (UDF). Diese verfügt über 16 Räte und stellt seit Januar 1999 die Präsidentin des Regionalrates. Nur ein Mandat weniger hat der rechtsextreme Front National (FN). Die übrigen Sitze verteilen sich wie folgt: Gaullisten und Kommunisten je 13 Sitze, Grüne 9, Nationalrepublikaner (rechtsextreme Abspaltung von dem FN) 8, kleinere, überwiegend regionale Gruppen insgesamt 22.

Wegen der durch die Wahl 1998 bedingten Sitz-Zersplitterung kam es erst nach mehreren Wahlgängen und langwierigen Verhandlungen zwischen der Linken und den Liberalen zur Wahl der gegenwärtigen Präsidentin. Um solche politischen Manöver zwischen den Parteien bzw. Gruppierungen, die zur vorübergehenden Unregierbarkeit der Region Rhône-Alpes, aber auch in anderen Regionen, führten, zukünftig zu vermeiden, wird das Wahlsystem modifiziert. Extremistische Parteien spielen dann nicht länger das "Zünglein an der Waage", sondern das Mischsystem aus Mehrheits- und Verhältniswahl (die stärkste Fraktion erhält ab 2004 vorab 25% aller Sitze, die restlichen werden prozentual auf alle Gruppierungen verteilt) soll für stabile Regierungsmehrheiten sorgen.